محتوى المقال

Kiran Kumari Saurabh Bhargava Rajvinder Singh

الملخص

غالبًا ما يكون تحديد النباتات مهمة شاقة بسبب السمات البيولوجية المختلفة والتنوع الكبير للأنواع النباتية. وفي ظل غياب العلامات الفيزيائية تصبح التقنيات الجزيئية مفيدة في الاستخدام للتعرف على أنواع منشأ البذور الطبية والمعاجين والمستحضرات النباتية المشتبه بها. وفي هذه الدراسة تم تضخيم منطقة ITS من rRNA لثلاثة عشر نوعًا مختلفًا من النباتات السامة باستخدام البادئ الشامل ITS 1 & 4. وتم تقديم تسلسل النيوكليوتيدات لجميع النباتات المختارة في NCBI وتم الحصول على أرقام القيد.

تعطي نتائج هذه الدراسة تحديدًا دقيقًا لثلاثة عشر نوعًا نباتيًا وأثبتت أن منطقة ITS من الريبوسوم النووي 18s-26s لتكون أداة مهمة للتحليل الوراثي للنباتات، والتحقق من التنوع الجيني وتحديد الأنواع النباتية.

وتمت موائمة التسلسل مع أعلى تسلسل مرجعي متطابق وتم تقديمه في برنامج Clustal Omega لإنشاء شجرة النشوء والتطور التجاوري .

وتعتبر هذه النتائج ذات أهمية قصوى في سيناريوهات علم السموم الجنائي خاصة عندما يتم العثور على مادة نباتية مجزأة في المعدة/ الأمعاء ويصبح تحديدها المورفولوجي مستحيلاً. في هذه الظروف، من المؤكد أن التقنية الجزيئية القائمة على تفاعل البوليميراز المتسلسل تلعب دورًا مهمًا في حل قضايا الجنائية المعقدة.

التنزيلات

تنزيل البيانات ليس متاحًا بعد.

المراجع

Yuan H, Ma Q, Ye L, Piao G. The traditional medicine and modern medicine from natural products. Molecules. 2016; 21(5):559-77.doi: 10.3390/molecules21050559

Bhatia H, Sharma YP, ManhasRK, Kumar K. Ethnomedicinal plants used by the villagers of district Udhampur, J&K, India. J Ethno pharmacol. 2014; 151(2):1005-18.doi: 10.1016/j.jep.2013.12.017

Bateman J, Chapman RD, Simpson D. Possible toxicity of herbal remedies. Scottish Medical Journal. 1998;43(1):7-15.https://doi.org/10.1177/003693309804300104

Joharchi MR, AmiriMS. Taxonomic evaluation of misidentification of crude herbal drugs marketed in Iran. Avicenna journal of phytomedicine. 2012;2(2):105-12.https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4075662/

Calahan J, Howard D, AlmalkiAJ, Gupta MP, Calderon AI. Chemical adulterants in herbal medicinal products: a review. Plantamedica. 2016; 82(6):505-15.doi: 10.1055/s-0042-103495

Chan TY. Worldwide occurrence and investigations of contamination of herbal medicines by tropane alkaloids. Toxins. 2017;9(9):284-94.https://doi.org/10.3390/toxins9090284

Ghorbani A, Saeedi Y, de Boer HJ. Unidentifiable by morphology: DNA barcoding of plant material in local markets in Iran. PloS one. 2017; 12(4):e0175722.https://doi.org/10.1371/journal.pone.0175722

Budowle B, Van Daal A. Forensically relevant SNP classes. Biotechniques. 2008; 44(5):603-10.doi: 10.2144/000112806

Magalhaes T, Dinis-Oliveira RJ, Silva B, Corte-Real F, Nuno Vieira D. Biological evidence management for DNA analysis in cases of sexual assault. Sci World J. 2015; 2015: 1-11 doi: 10.1155/2015/365674

Hebert PD, Cywinska A, Ball SL. Biological identifications through DNA barcodes. ProcBiol Sci. 2003; 270:313- 21. doi: 10.1098/rspb.2002.2218

Kress WJ, Erickson DL. A two-locus global DNA barcode for land plants: the coding rbcL gene complements the non-coding trnH-psbA spacer region. PLOS One. 2007; 2: e508. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0000508

Ford CS, Ayres KL, Toomey N, Haider N, Van Alphen Stahl J, Kelly LJ, Wikstrom N, Hollingsworth PM, Duff RJ, Hoot SB, Cowan RS. Selection of candidate coding DNA barcoding regions for use on land plants. Bot J Linn. 2009; 159(1):1.doi: 10.1111/j.1095-8339.2008.00938

Bruni, I., De Mattia, F., Galimberti, A., Galasso, G., Banfi, E., Casiraghi, M., & Labra, M. Identification of poisonous plants by DNA barcoding approach. Int J Legal Med 2010; 124(6):595-603.doi: 10.1007/s00414-010-0447-3.

CBOL Plant Working Group. A DNA barcode for land plants. ProcNatlAcad Sci. 2009; 106:12794–7. doi: 10.1073/pnas.0905845106

Hollingsworth PM, Graham SW, Little DP. Choosing and using a plant DNA barcode. PloS one. 2011; 6(5):e19254.https://doi.org/10.1371/journal.pone.0019254

Li M, Cao H, But PPH, Shaw PC. Identification of herbal medicinal materials using DNA barcodes. J SystEvol. 2011; 49(3):271-83.https://doi.org/10.1111/j.1759-6831.2011.00132

Kress WJ. Plant DNA barcodes: Applications today and in the future. J systevol. 2017; 55(4):291-307. https://doi.org/10.1111/jse.12254

Yao H, Song J, Liu C, Luo K, Han J, Li Y, Pang X, Xu H, Zhu Y, Xiao P, Chen S. Use of ITS2 region as the universal DNA barcode for plants and animals. PloS one. 2010; 5(10):e13102.doi: 10.1371/journal.pone.0013102

Baldwin BG, Sanderson MJ, Porter JM, Wojciechowski MF, Campbell CS, Donoghue MJ. The ITS region of nuclear ribosomal DNA: a valuable source of evidence on angiosperm phylogeny. Annals of the Missouri botanical garden. 1995; 82(2):247-77.doi: 10.2307/2399880

White TJ, Bruns TD, Lee S, Taylor J. Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics. Acad press. 1990:315-22. https://www.researchgate.net/publication/223397588

Kim WJ, Ji Y, Choi G, Kang YM, Yang S, Moon BC. Molecular identification and phylogenetic analysis of important medicinal plant species in genus Paeonia based on rDNA-ITS, matK, and rbcL DNA barcode sequences. Genet Mol Res. 2016; 15(3):1-12. doi: 10.4238/gmr.15038472

DasGupta B, Konwar KM, Muandoiu II, Shvartsman AA. DNA-BAR: distinguisher selection for DNA barcoding. Bioinformatics. 2005; 21:3424- 6. doi:10.1093/bioinformatics/bti547

Munch K, Boomsma W, Willerslev E, Nielsen R. Fast phylogenetic DNA barcoding. Philos T R Soc B. 2008; 363(1512):3997-4002. doi: 10.1098/rstb.2008.0169

Rach J, DeSalle R, Sarkar IN, Schierwater B, Hadrys H. Character-based DNA barcoding allows discrimination of genera, species and populations in Odonata. Proc R Soc B. 2008; 275:237-247. doi: 10.1098/rspb.2007.1290

Velzen R, Weitschek E, Felici G, Bakker FT. DNA barcoding of recently diverged species: relative performance of matching methods. PloS one. 2012; 7(1):e30490. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0030490

Maheshwari J K. Illustrations to the Flora of Delhi. 1966.

Kumar S. Flora of Haryana. Bishen Singh Mahendra Pal Singh. 2001.

Frohne D, PfanderHJ. Poisonous Plants: A Handbook for Doctors, Pharmacists, Toxicologist, Biologists and Veterinaries. Timber Press. 2005.

Saghai-Maroof MA, Soliman KM, Jorgensen RA, Allard RW. Ribosomal DNA spacer-length polymorphism in barley: mendelian inheritance, chromosomal location, and population dynamics. ProcNatlAcad Sci. 1984; 81(24):8014-8. doi: 10.1073/pnas.81.24.8014

Wagner DB. Nuclear, chloroplast, and mitochondrial DNA polymorphisms as biochemical markers in population genetic analyses of forest trees. New Forests. 1992;6(1-4):373-90. doi 10.1007/BF00120653

Wallinger C, Juen A, Staudacher K, Schallhart N, Mitterrutzner E, Steiner EM, Thalinger B, Traugott M. Rapid plant identification using species-and group-specific primers targeting chloroplast DNA. PLoS One. 2012; 7(1):e29473. doi: 10.1371/journal.pone.0029473

Hershkovitz MA, Zimmer EA and Hahn WJ. Ribosomal DNA sequences and angiosperm systematics. In: P.M. Hollingsworth, R.M. Bateman and R.J. Gornall eds. Molecular systematics and plant evolution. Taylor & Francis, London. 1999: 268-326.

Manokar J, BalasubramaniSP, Venkatasubramanian P. Nuclear ribosomal DNA–ITS region based molecular marker to distinguish GmelinaarboreaRoxb. Ex Sm. from its substitutes and adulterants. J Ayurveda Integr Med. 2018; 9(4):290-3.https://doi.org/10.1016/j.jaim.2017.10.001

Poczai P, Hyvönen J. Nuclear ribosomal spacer regions in plant phylogenetics: problems and prospects. MolBiol Rep. 2010; 37(4):1897-912. doi: 10.1007/s11033-009-9630-3

Kelchner SA. The evolution of non-coding chloroplast DNA and its application in plant systematics. Ann Missouri Bot. 2000: 482-98.https://doi.org/10.2307/2666142

Zhang D, Jiang B, Duan L, Zhou N. Internal Transcribed Spacer (ITS), an ideal DNA barcode for species discrimination in Crawfurdia wall (gentianaceae). Afr J TraditComplem. 2016; 13(6):101-6. doi: 10.21010/ajtcam.v13i6.15

Cai J, Ma PF, Li HT, Li DZ. Complete plastid genome sequencing of four Tilia species (Malvaceae): a comparative analysis and phylogenetic implications. PLoS One. 2015; 10(11): e0142705. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142705

ZayaDN, Ashley MV. Plant genetics for forensic applications. In Plant DNA Fingerprinting and Barcoding. Humana Press. 2012:35-52. doi: 10.1007/978-1-61779-609-8_4.

Han J, Zhu Y, Chen X, Liao B, Yao H, Song J, Chen S, Meng F. The short ITS2 sequence serves as an efficient taxonomic sequence tag in comparison with the full-length ITS. Bio Med research international. 2013:1-7. doi: 10.1155/2013/741476

Wattoo JI, Saleem MZ, Shahzad MS, Arif A, Hameed A, Saleem MA. DNA Barcoding: Amplification and sequence analysis of rbcl and matK genome regions in three divergent plant species. Adv life sci. 2016; 4(1):3-7. http://www.als-journal.com/articles/vol4issue1/412.16/298

تفاصيل المقال

القسم
الملاحظات التقنية
معلومات حقوق التأليف والنشر
Creative Commons License

هذا العمل مرخص بموجب Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.

 يجب عليك قراءة الشروط و الأحكام الخاصة بحقوق النشر ( لقراءة الشروط اضغط هنا )

الأعمال الأكثر قراءة لنفس المؤلف/المؤلفين