تقييم معايير أدلة الحمض النووي لمواقع التكرار المترادفة القصيرة 24STR والحذف والإضافة على الكروموزوم Y لعينة من سكان جنوب المملكة العربية السعودية باستخدام طقم التكثير نوع GlobalFilter TM
محتوى المقال
الملخص
شهدت العقود الثلاثة الأخيرة تقدمًا سريعًا في حقل تقنية التنميط الجيني للتكرارات المترادفة القصيرة (STRs). فقد أظهرت التكرارات المترادفة القصيرة (STRs) الجسدية كأداة قوية في التعريف الجنائي والتحقيقات المتعلقة بالأبوة والنسب.
يتوزع السكان الأصليين للمملكة العربية السعودية بشكل غير منتظم، وقد تم تنظيمه تاريخيًا على شكل مجموعات محددة جغرافيًا أو قبائل تتبع لنسب الأبوة. لكن حتى الآن لم يتم إجراء أي تحقيق تفصيلي لسكان جنوب المملكة العربية السعودية يساعد في تفسير الدليل الجنائي الذي يعتمد على الحمض النووي، وكذلك في إعداد قواعد بيانات الحمض النووي.
إن الهدف من هذه الدراسة هو التحقق من التركيب الجيني لمجموعة مؤلفة من 154 شخص سعودي أصحاء البنية لا تربطهم علاقات قرابة ضمن ثلاثة أجيال جميعهم من المناطق الجنوبية للمملكة العربية السعودية وذلك باستخدام طقم تكثير الحمض النووي GlobalFiler TM الخاص بتفاعل البلمرة المتسلسل. وتم تحليل معايير التنوع الجيني لهم وفيما بينهم وكذلك معايير علم الوراثة الجنائي. وقد أظهرت النتائج أن أنماط SE33 هي الأكثر انتشارًا وأن أنماط TROX هي الأقل انتشارًا بين التموضعات ذات الأشكال المتعددة. وقد تراوحت كل من (PIC, PE, TPI, HO, HE) بين نسبة 0.56116 لـ(TPOX) و 0.94393 لـ(SE33)، وكذلك 0.26638 لـ(TPOX) و0.83859 لـ(SE33)، و1.1875 لـ(TPOX) و6.33333 لـ(SE33)، و0.57894 لـ(TPOX) و 0.92105 لـ(SE33)، و0.6169 لـ(TPOX) و 0.952 لـ(SE33) على التوالي. وقد لوحظ أن أعلى نسبة PM كانت عند 0.223944 لـ D22S1045 وعلى نسبة PD عند 0.98935 لـ SE33. بينما كانت 99.99999999% لمجموع PD، بينما كان مجموع PM تساوي 3.9021E-25 . وقد أظهرت المعايير الوراثية أن سكان منطقة جنوب المملكة العربية السعودية لهم صلات هي الأقرب مع سكان كل من المملكة العربية السعودية، والإمارات العربية المتحدة والكويت والبحرين. وتقدم الدراسة أفكارًا ذات قيمة علمية عن البنية السكانية لجنوب المملكة العربية السعودية باستخدام طقم التكثير GlobalFiler TM الخاص بتفاعل البلمرة المتسلسل.
الكلمات المفتاحية
علوم الأدلة الجنائية، علم الوراثة الجنائي، السمات الوراثية للحمض النووي، طقم تكثير الحمض النووي GlobalFiler™، سكان المملكة العربية السعودية
التنزيلات
المراجع
Authority GS. Statistical yearbook of 2015. 2015.
Khubrani YM, Wetton JH, Jobling MA. Extensive geographical and social structure in the paternal lineages of Saudi Arabia revealed by analysis of 27 Y-STRs. Forensic Science International: Genetics. 2018;33:98-105.DOI: https://doi.org/10.1016/j.fsigen.2017.11.015.
Statistics H. 1440. General Authority for Statistics Available online: https://wwwstatsgovsa/sites/default/files/haj40enpdf (accessed on 21 May 2020). 2019.
Arabia, G.A.F.S.I.S. Demographic Research Bulletin. Available online: https://www.stats.gov.sa/ (accessed on 24 March 2020). 2016.
Al-Rasheed M. A history of Saudi Arabia: Cambridge University Press; 2010.
Al-Gazali L, Hamamy H, Al-Arrayad S. Genetic disorders in the Arab world. Bmj. 2006;333(7573):831-4.DOI: https://doi.org/10.1136/bmj.38982.704931.AE
Abu-Amero KK, González AM, Larruga JM, Bosley TM, Cabrera VM. Eurasian and African mitochondrial DNA influences in the Saudi Arabian population. BMC evolutionary biology. 2007;7(1):1-15.DOI: https://doi.org/10.1186/1471-2148-7-32
Abu-Amero KK, Hellani A, González AM, Larruga JM, Cabrera VM, Underhill PA. Saudi Arabian Y-Chromosome diversity and its relationship with nearby regions. BMC genetics. 2009;10(1):1-9.DOI: https://doi.org/10.1186/1471-2156-10-59
Jordan D, Mills D. Past, Present, and Future of DNA Typing for Analyzing Human and Non-Human Forensic Samples. Frontiers in Ecology and Evolution. 2021;9:172.DOI: https://doi.org/10.3389/fevo.2021.646130.
Arenas M, Pereira F, Oliveira M, Pinto N, Lopes AM, Gomes V, et al. Forensic genetics and genomics: Much more than just a human affair. PLoS genetics. 2017;13(9):e1006960.
Ludeman MJ, Zhong C, Mulero JJ, Lagacé RE, Hennessy LK, Short ML, et al. Developmental validation of GlobalFiler™ PCR amplification kit: a 6-dye multiplex assay designed for amplification of casework samples. International journal of legal medicine. 2018;132(6):1555-73.DOI: https://doi.org/10.1007/s00414-018-1817-5.
Khubrani YM, Wetton JH, Jobling MA. Analysis of 21 autosomal STRs in Saudi Arabia reveals population structure and the influence of consanguinity. Forensic Science International: Genetics. 2019;39:97-102.DOI: https://doi.org/10.1016/j.fsigen.2018.12.006.
Peakall R, Smouse P. GenAlEx 6.5: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research–an update. Bioinformatics 28: 2537e2539. 2012.DOI: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts460.
Gouy A, Zieger M. STRAF—a convenient online tool for STR data evaluation in forensic genetics. Forensic Science International: Genetics. 2017;30:148-51.DOI: https://doi.org/10.1016/j.fsigen.2017.07.007.
Alsafiah HM, Goodwin WH, Hadi S, Alshaikhi MA, Wepeba P-P. Population genetic data for 21 autosomal STR loci for the Saudi Arabian population using the GlobalFiler® PCR amplification kit. Forensic Science International: Genetics. 2017;31:e59-e61.DOI: https://doi.org/10.1016/j.fsigen.2017.09.014.
Al-Snan NR, Messaoudi S, R. Babu S, Bakhiet M. Population genetic data of the 21 autosomal STRs included in GlobalFiler kit of a population sample from the Kingdom of Bahrain. PloS one. 2019;14(8):e0220620.DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0220620
Pérez-Miranda AM, Alfonso-Sánchez MA, Peña JA, Herrera RJ. Qatari DNA variation at a crossroad of human migrations. Human heredity. 2006;61(2):67-79.DOI: https://doi.org/10.1159/000092648
Jones RJ, Al Tayyare W, Tay GK, Alsafar H, Goodwin WH. Population data for 21 autosomal short tandem repeat markers in the Arabic population of the United Arab Emirates. Forensic Science International: Genetics. 2017;28:e41-e2.DOI: https://doi.org/10.1016/j.fsigen.2017.02.015
Al-Enizi M, Ge J, Ismael S, Al-Enezi H, Al-Awadhi A, Al-Duaij W, et al. Population genetic analyses of 15 STR loci from seven forensically-relevant populations residing in the state of Kuwait. Forensic Science International: Genetics. 2013;7(4):e106-e7.DOI: https://doi.org/10.1016/j.fsigen.2013.04.007
Takezaki N, Nei M, Tamura K. POPTREE2: Software for constructing population trees from allele frequency data and computing other population statistics with Windows interface. Molecular biology and evolution. 2010;27(4):747-52.DOI: https://doi.org/10.1093/molbev/msp312
Saitou N, Nei M. The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees. Molecular biology and evolution. 1987;4(4):406-25.DOI: https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a040454
Kumar S, Stecher G, Li M, Knyaz C, Tamura K. MEGA X: molecular evolutionary genetics analysis across computing platforms. Molecular biology and evolution. 2018;35(6):1547.DOI: https://doi.org/10.1093/molbev/msy096
Ali Alhmoudi O, Jones RJ, Tay GK, Alsafar H, Hadi S. Population genetics data for 21 autosomal STR loci for United Arab Emirates (UAE) population using next generation multiplex STR kit. Forensic Science International: Genetics. 2015;19:190-1.DOI: https://doi.org/10.1016/j.fsigen.2015.07.009
Fujii K, Watahiki H, Mita Y, Iwashima Y, Kitayama T, Nakahara H, et al. Allele frequencies for 21 autosomal short tandem repeat loci obtained using GlobalFiler in a sample of 1501 individuals from the Japanese population. Legal Medicine. 2015;17(5):306-8.DOI: https://doi.org/10.1016/j.legalmed.2015.08.007
Adnan A, Zhan X, Kasim K, Rakha A, Xin XJ. Population data and phylogenetic structure of Han population from Jiangsu province of China on GlobalFiler STR loci. International journal of legal medicine. 2018;132(5):1301-4.DOI: https://doi.org/10.1007/s00414-018-1815-7
Li X, Li L, Wang Q, Zhang J, Ge W, Bai R, et al. Population genetic analysis of the Globalfiler STR loci in 3032 individuals from the Altay Han population of Xinjiang in northwest China. International journal of legal medicine. 2018;132(1):141-3.DOI: https://doi.org/10.1007/s00414-017-1641-3
Pereira V, Gusmão L, Valente C, Pereira R, Carneiro J, Gomes I, et al. Refining the genetic portrait of Portuguese Roma through X‐chromosomal markers. American journal of physical anthropology. 2012;148(3):389-94.DOI: https://doi.org/10.1002/ajpa.22061
Chakravarti A. Population genetics—making sense out of sequence. Nature genetics. 1999;21(1s):56
Council NR. National science education standards: National Academies Press; 1996.
تفاصيل المقال
هذا العمل مرخص بموجب Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.