الكشف عن التنوع في التتابعات القصيرة المتكررة (STRs) في كروموسوم واي (Y) لسكان كولي في منطقة غوجارات من خلال دراسة هذه التتابعات في 23 موقع وراثي على ذلك الكروموسوم
محتوى المقال
الملخص
يُشكل التحليل الوراثي لمواقع التتابعات القصيرة المتكررة (STRs) في كروموسوم واي (Y) أهمية محورية في تكوين المحتوى الوراثي الجنائي والتحليل الوراثي لهذا الكروموسوم. ومع ذلك، يفتقر سكان كولي في منطقة غوجارات الهندية إلى مثل هذا التصنيف الوراثي. تهدف هذه الدراسة إلى تطوير قاعدة بيانات تكرارات الأليل في 23 موقع وراثي في كروموسوم واي (Y) لسكان كولي، مع فحص المعايير الجنائية وتقييم العلاقات الوراثية مع القبائل المجاورة.
تم عمل تحليل وراثي لـ 153 شخص من الذكور البالغين غير الأقارب من سكان كولي باستخدام مجموعة تكثير الحمض النووي (PowerPlex®Y23) التجارية. أظهرت النتائج 117 نمطاً وراثياً أحاديا فريداً. كان تنوع النمط الوراثي (HD) وقدرة التمييز (DC) لـ 23 موقع وراثي على كروموسوم واي (Y-STR) يساوي 0.993 و 0.8034 على التوالي. أظهر موقع DYS385b أعلى تباين للأليلات (10 أليلات)، بينما أظهر كل من المواقع التالية؛ DYS391 و DYS389I و DYS437 أقل تباين للأليلات (4 أليلات لكل منها)، كما لوحظ أعلى محتوى معلومات متعدد الأشكال (PIC) في الموقع الوراثي DYS385b بقيمة بلغت (0.775)، وأقلها في الموقع الوراثي DYS391 بقيمة بلغت (0.386). شكلت الفصيلة السائدة (R1a) النسبة الأعلى (45 %) من السكان. كشف التحليل المقارن لسكان غوجارات مع المجموعات السكانية الهندية الأخرى في خلال موقع بيانات (YHRD) عن مجموعتين منفصلتين، حيث وضِعت قبيلة كولي في المجموعة الثانية، مما يشير إلى تشابه جيني كبير داخل هذه المجموعة.
تُظهر هذه الدراسة التي تُعد الأولى من نوعها لسكان كولي للمواقع الوراثية (Y-STR) فائدة مجموعة تكثير الحمض النووي PowerPlex®Y23 في التعرف على الذكور، كما تظهر التنوع الكبير للأنماط الوراثية والقدرة على التمييز.
الكلمات المفتاحية
علوم الأدلة الجنائية، التتابعات القصيرة المتكررة في كروموسوم واي، سكان كولي، تنوع النمط الوراثي الأحادي، المعايير الجنائية
التنزيلات
المراجع
Cavalli-Sforza LL, Menozzi P, Piazza A. The history and geography of human genes. Princeton university press; 1994.
Driem G van. Languages of the Himalayas: an ethnolinguistic handbook of the greater Himalayan Region: containing an introduction to the symbiotic theory of language. (No Title). 2001;
Singh KS. People of India: India’s communities. Vol. 5. Oxford University Press; 1998.
Pancholi D. Particular Vulnerable Tribes of Gujarat. International Journal of Research and Analytical Reviews. 2018;5(04):422–31.
Ghosh T, Kalpana D, Mukerjee S, Mukherjee M, Sharma AK, Nath S, et al. Genetic diversity of autosomal STRs in eleven populations of India. Forensic Science International: Genetics. 2011;5(3):259–61.
Gaikwad S, Kashyap V. Genetic diversity in four tribal groups of western India: a survey of polymorphism in 15 STR loci and their application in human identification. Forensic Science International. 2003;134(2–3):225–31.
Jobling MA, Pandya A, Tyler-Smith C. The Y chromosome in forensic analysis and paternity testing. International journal of legal medicine. 1997;110(3):118–24.
Calafell F, Larmuseau MH. The Y chromosome as the most popular marker in genetic genealogy benefits interdisciplinary research. Human genetics. 2017;136(5):559–73.
PP R. Human experimentation. Code of ethics of the world medical association. Declaration of Helsinki. British medical journal. 1964;2(5402):177–177.
Gouy A, Zieger M. STRAF—a convenient online tool for STR data evaluation in forensic genetics. Forensic Science International: Genetics. 2017;30:148–51.
Eliades N, Eliades D. HAPLOTYPE ANALYSIS: software for analysis of haplotype data. Forest Goettingen (Germany): Genetics and Forest Tree Breeding, Georg-August University Goettingen. 2009;
Roewer L, Kayser M, Dieltjes P, Nagy M, Bakker E, Krawczak M, et al. Analysis of molecular variance (AMOVA) of Y-chromosome-specific microsatellites in two closely related human populations. Human Molecular Genetics. 1996;5(7):1029–33.
Caspermeyer J. MEGA software celebrates silver anniversary. Molecular biology and evolution. 2018;35(6):1558–60.
Athey W. Comments on the article,“Software for Y haplogroup predictions, a word of caution.” International journal of legal medicine. 2011;125(6):901–3.
Chaudhari RR, Dahiya M. Genetic diversity of 15 autosomal short tandem repeats loci using the AmpFLSTR® IdentifilerTM kit in a Bhil Tribe Population from Gujarat state, India. Indian Journal of Human Genetics. 2014;20(2):148.
Mishra A, Dixit S, Choudhary SK, Sharma H, Shrivastava P. Forensic genetic analysis of the population of Gujarat with PowerPlex 21 multiplex system. Forensic Science International: Genetics Supplement Series. 2019;7(1):167–8.
Mishra A, Kumari A, Choudhary S, Gondhali U. Evaluation and comparison of population genetics software in Rabari Tribe of Gujarat population. Egyptian Journal of Forensic Sciences. 2021;11(1):1–12.
Mishra A, Misra S, Gondhali U. Genetic polymorphisms and phylogenetic analysis of the Gujarat population via 17 Y chromosomal STR systems. Rechtsmedizin. 2022;32(3):184–90.
Mishra A, Gondhali U, Choudhary S. Estimating the genetic polymorphisms of gujarat population using 17 Y chromosomal STR Loci. OnLine Journal of Biological Sciences. 2021;21(2):388–94.
Sharma AN, Kumawat R, Shrivastava P. Revealing genetic structure in the paternal lineages and forensic profiling of Bhotra tribe by the analysis of Y-STR multiplex platform. Human Gene. 2022;33:201038.
Sharma S, Yadav R, Sahajpal V, Zieger M, Ranga S, Ahuja P, et al. Genetic portrait of 23 Y-STR loci in the Brahmin population of Haryana, India. Rechtsmedizin. 2023;33(5):410–20.
Singh M, Sarkar A, Kumar D, Nandineni MR. The genetic affinities of Gujjar and Ladakhi populations of India. Scientific Reports. 2020;10(1):2055.
Singh M, Sarkar A, Madhusudan R. ’A comprehensive portrait of Y-STR diversity of Indian populations and comparison with 129 worldwide populations. Scientific Reports. 2018;8(1).
Mohapatra B, Chauhan K, Shrivastava P, Sharma A, Dagar S, Kaitholia K. Haplotype data for 17 Y-STR loci in the population of Himachal Pradesh, India. International journal of legal medicine. 2019;133(5):1401–2.
Imam J, Reyaz R, Singh RS, Bapuly AK, Shrivastava P. Genomic portrait of population of Jharkhand, India, drawn with 15 autosomal STRs and 17 Y-STRs. International journal of legal medicine. 2018;132(1):139–40.
Shrivastava P, Jain T, Trivedi VB. Haplotype data for 17 Y-STR loci in the population of Madhya Pradesh, India. Forensic Science International: Genetics. 2017;26:e31–2.
Shrivastava P, Gupta U, Jain T, Trivedi VB. Y STR haplotype diversity in central Indian population. Annals of human biology. 2016;43(5):480–7.
Panda M, Kumawat R, Dixit S, Sharma AN, Shankar H, Chaubey G, et al. Forensic features and phylogenetic analyses of the population of Nayagarh (Odisha), India using 23 Y-STRs. Annals of Human Biology. 2022;49(1):54–68.
Kumawat R, Shrivastava P, Shrivastava D, Mathur G. Molecular diversity of 23 Y-STR genetic markers in the population of Rajasthan, India. Meta Gene. 2020;24:100694.
Kumar A, Kumar R, Kumawat R, Mathur B, Shrivastava P, Chaubey G, et al. Genetic portrait study for 23 Y-STR loci in the population of Rajasthan, India. International Journal of Legal Medicine. 2020;134(5):1691–3.
Henke J, Henke L, Chatthopadhyay P, Kayser M, Dulmer M, Cleef S, et al. Application of Y-chromosomal STR haplotypes to forensic genetics. Croatian Medical Journal. 2001;42(3):292–7.
Shrivastava P, Kushwaha K, Kumawat R, Chauhan T, Saiz M, Lorente JA, et al. Untangled the genetic structure of Kahar and Tharu, using 23 Y chromosomal paternal lineage markers. Meta Gene. 2020;26:100797.
Perez-Benedico D, Chennakrishnaiah S, Gayden T, Rowold DJ, Garcia-Bertrand R, Herrera RJ. Y-STR markers from Ladakh in the Himalayas. Legal Medicine. 2016;21:29–32.
Jain T, Shrivastava P, Trivedi VB. Genetic portrait of Majhi tribe of Chhattisgarh, India based on 15 autosomal STRs and 23 Y-STRs. International journal of legal medicine. 2017;131(1):113–4.
Athey TW. Haplogroup prediction from Y-STR values using an allele-frequency approach. J Genet Geneal. 2005;1:1–7.
Toscanini U, Brisighelli F, Llull C, Berardi G, Gómez A, Andreatta F, et al. Charting the Y-chromosome ancestry of present-day Argentinean Mennonites. Journal of human genetics. 2016;61(6):507–13.
Badiye A, Kapoor N, Kumawat R, Dixit S, Mishra A, Dixit A, et al. A study of genomic diversity in populations of Maharashtra, India, inferred from 20 autosomal STR markers. BMC Research Notes. 2021;14(1):1–8.
Thangaraj K, Ramana GV, Singh L. Y‐chromosome and mitochondrial DNA polymorphisms in Indian populations. ELECTROPHORESIS: An International Journal. 1999;20(8):1743–7.
تفاصيل المقال

هذا العمل مرخص بموجب Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.