دراسة مقارنة بين طريقتين شبه آليتين لاستخلاص الحمض النووي الجنائي : نظام Automate Express™ ونظام Hamilton Microlab STAR™
محتوى المقال
الملخص
التحول الآلي في فحوصات وتحليل الحمض النووي في المجال الجنائي يسهم في تقليص الوقت، تحسين النتائج والحد من فرص تلوث العينات. التنوع في أنظمة استخلاص الحمض النووي الآلية التجارية يتطلب تقييم فاحصي الحمض النووي لمعرفة منافع وسلبيات هذه الأنظمة. تهدف هذه الدراسة إلى تقييم مدى فعالية وكفاءة نظامين من أنظمة استخلاص الحمض النووي الشبه آليه والمستخدمة في مجال الحمض النووي الجنائي وهي نظام Automate Express™ ونظام Hamilton Microlab STAR™ system في أربعة معايير مختلفة: 1- قابلية التكرار، 2- الاستقرار، 3 – الحساسية، 4- مخاطر التلوث. بصوة عامة أشارت النتائج إلى أن كلاً من النظامين الشبه آليين يؤديان أداءً متشابهًا في توفير نتائج قوية قابلة لتكرار استخلاص الحمض النووي، مع المحافظة على قدرة جيدة للتغلب على مثبطات تفاعل البلمرة المتسلسل مع مخاطر تلوث منخفضة. أظهر النظامان الشبه آليان معدل استعادة أعلى للحمض النووي مقارنة بنظام الاستخلاص العضوي باستخدام الفينول كلوروفورم بنسبة 22٪ لعينات السائل المنوي و 7٪ لعينات الدم. بالإضافة إلى ذلك، تم فحص ثلاث أنواع من العينات للمقارنة بين كلا النظامين الشبه آليين (مجموع العينات المفحوصة – n = 100). بشكل عام، أظهرت النتائج أن متوسط استعادة الحمض النووي بواسطة نظام Hamilton Microlab STAR™ system أعلى من متوسط استعادة الحمض النووي بواسطة نظام Automate Express™ لعينات الدم والسائل المنوي مما يشير إلى أن أداء نظام Hamilton Microlab STAR™ system أفضل من حيث الإستعادة للحمض النووي ومستوى الحساسية.
الكلمات المفتاحية
علوم الأدلة الجنائية، هاملتون مايكرولاب ستار، اكسبريس الآلية، استخلاص الحمض النووي، كوانتيبليكس برو
التنزيلات
المراجع
Balsa F, Bogas V, Cunha P, Brito P, Serra A, Lopes V, Carvalho M, Andrade L, Bento AM, São Bento M, Corte-Real F. Preliminary validation of prepfiler express™ extraction kit in Automate express DNA extraction system. Forensic Science International: Genetics Supplement Series. 2011 Dec 1;3(1):e377-8.
Stangegaard M, Hjort BB, Hansen TN, Hoflund A, Mogensen HS, Hansen AJ, Morling N. Automated extraction of DNA from biological stains on fabric from crime cases. A comparison of a manual and three automated methods. Forensic Science International: Genetics. 2013 May 1;7(3):384-8.
Foley MM. Applied Biosystems™ Prepfiler™ Forensic DNA Extraction Kit (manual and semi-automated via Automate Express™). Forensic DNA Analysis. 2023;53–81. doi:10.1007/978-1-0716-3295-6_4
Köchl S, Niederstätter H, Parson W. DNA extraction and quantitation of forensic samples using the phenol-chloroform method and real-time PCR. Forensic DNA typing protocols. 2005:13-29.
Sambrook J, Russell DW. Purification of nucleic acids by extraction with phenol: chloroform. Cold Spring Harbor Protocols. 2006 Jan 1;2006(1):pdb-rot4455.
Brevnov MG, Pawar HS, Mundt J, Calandro LM, Furtado MR, Shewale JG. Developmental validation of the PrepFiler™ forensic DNA extraction kit for extraction of genomic DNA from biological samples. Journal of forensic sciences. 2009 May;54(3):599-607.
Davis CP, King JL, Budowle B, Eisenberg AJ, Turnbough MA. Extraction platform evaluations: a comparison of Automate Express™, EZ1® Advanced XL, and Maxwell® 16 Bench-top DNA extraction systems. Legal Medicine. 2012 Jan 1;14(1):36-9.
Ng NS, Gately R, Ooi L. Automated liquid handling for microplate assays: A simplified user interface for the Hamilton Microlab STAR. Journal of Applied Bioanalysis. 2021:11-8.
Faccinetto C, Stabile M, Cirillo SE, Kessell R, Pizzamiglio M, Lago G. From sample to eluate; a validation study of Qiagen® QIAsymphony® DNA Investigator® Kit, a magnetic bead chemistry, on Hamilton® Microlab STAR® Autolys®. Canadian Society of Forensic Science Journal. 2015 Jul 3;48(3):152-9.
Scientific TF. PrepFiler Express™ and PrepFiler Express BTA™ Forensic DNA Extraction Kits USER GUIDE, P/N 4442699, Rev. D.
Brevnov M, Mundt J, Benfield J, Treat-Clemons L, Kalusche G, Meredith J, Porter G, Furtado MR, Shewale JG. Automated extraction of DNA from forensic sample types using the PrepFiler automated forensic DNA extraction kit. JALA: Journal of the Association for Laboratory Automation. 2009 Oct;14(5):294-302.
PrepFiler™ Forensic DNA Extraction Kit, updated [Internet]. Thermofisher.com. 2023 [cited 2023 Aug 13]. Available from: https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/4463351?SID=srch-srp-4463351
PrepFiler Express™ Forensic DNA Extraction Kit [Internet]. Thermofisher.com. 2023. Available from: https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/4441352
McKiernan HE, Danielson PB. Molecular diagnostic applications in forensic science. In Molecular diagnostics 2017 Jan 1 (pp. 371-394). Academic Press.
Morrison J, McColl S, Louhelainen J, Sheppard K, May A, Girdland-Flink L, Watts G, Dawnay N. Assessing the performance of quantity and quality metrics using the QIAGEN Investigator® Quantiplex® pro RGQ kit. Science & Justice. 2020 Jul 1;60(4):388-97.
Bonnette MD. QIAGEN’s Investigator® Quantiplex® Pro Kit. Forensic DNA Analysis: Methods and Protocols 2023 Jul 14 (pp. 189-204). New York, NY: Springer US.
Ludeman MJ, Zhong C, Mulero JJ, Lagacé RE, Hennessy LK, Short ML, Wang DY. Developmental validation of GlobalFiler™ PCR amplification kit: a 6-dye multiplex assay designed for amplification of casework samples. International journal of legal medicine. 2018 Nov;132:1555-73.
Ossowski A, Diepenbroek M, Szargut M, Zielińska G, Jędrzejczyk M, Berent J, Jacewicz R. Population analysis and forensic evaluation of 21 autosomal loci included in GlobalFiler™ PCR Kit in Poland. Forensic Science International: Genetics. 2017 Jul 1;29: e38-9.
Gautam A. Phenol-Chloroform DNA Isolation Method. InDNA and RNA Isolation Techniques for Non-Experts 2022 Mar 30 (pp. 33-39). Cham: Springer International Publishing.
تفاصيل المقال
هذا العمل مرخص بموجب Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.